St. Agatha, gizemli bir manastıra sığınan hamile bir kadının hikayesini konu ediyor. 1950’lerde geçen filmde Mary, Gürcistan’da küçük bir kasabada yaşayan genç bir kadındır. Hamile olan genç kadın, izole bir yerde bulunan gizli bir manastıra sığınır. Mary, manastırın çocuğunu dünyaya getirmek için en ideal yer olduğunu düşünmektedir. Başlarda her şey onun düşlediği gibi gerçekleşir. Manastırda bulunan rahibeler, hamile kadınla yakından ilgilenir. Ancak bir süre sonra yaşanan tuhaf olaylar Mary'yi tedirgin etmeye başlar. Yaşananlara anlam vermeye çalışan genç kadın kısa süre sonra manastır hakkındaki korkunç gerçekleri ve manastırın karanlıklarında gizlenen garip insanların varlığını öğrenir. Maskelenen korkunç sırları keşfeden Mary, manastırın duvarları ardında sonsuza kadar hapsedilmeden önce kaçıp kendisini ve bebeğini kurtulmanın yolunu bulmalıdır.