Aquaman ve Kayıp Krallık, dünyayı geri dönüşü olmayan bir yıkımdan kurtarabilmek için anlaşmazlıklarını bir kenara bırakıp, güçlerini birleştirmek zorunda olan Aquaman ve Orm'un hikayesini konu ediyor. İlk karşılaşmalarında Aquaman'i yenmeyi başaramayan Black Manta'nin pes etmeye niyeti yoktur. Aquman'dan intikamını almaya kararlı olan Black Manta, onu sonsuza dek alt edebilmek için her şeyi yapmaya hazırdır. Artık daha güçlü olan Black Mantal'in elinde kötücül bir gücü açığa çıkaracak efsanevi Black Trident vardır. Güçlü bir düşmanla karşı karşıya olan Aquman, onu yenebilmek için Atlantis'in eski Kralı olan hapisteki kardeşi Orm ile ittifak kurmaya karar verir. İki üvey kardeş, krallıklarını koruyup, dünyayı büyük bir yıkımdan kurtarmak için bu süreçte anlaşmazlıklarını bir kenara bırakmak zorundadır.