31 Ocak 0079’da imzalanan ateşkes anlaşması iki tarafının da karşı tarafa yönelik kuşkuları yüzünden etkisini yitirmiştir. Federasyon, 13 Şubat 0079’da Zeon’un eylemlerine karşı cevap olarak gizlice kendi seri MS üretim projeleri olan Project Vinson’a start verir ve Gundam adlı yeni nesil MS serisinin prototip üretim çalışmalarına başlanır. Eylül 0079’da Zeon’un, Gundam adlı bu yeni silahın yıkıcı gücüyle karşılaşması kısa süreli bir duraklamaya, ardından gerilemelerine sebep olur. Bunun üzerine Zeon liderleri, orduyu toparlayarak Federasyon’a karşı her cephede bir dizi karşı saldırı harekatı başlatır.Gundam’ın üretilen 7 örneğinden ilki olan RX 78-2 , gönderildiği cephelerde o ana dek dünyanın 3/2’sini baskısı altında tutan Zeon’a karşı Federasyon’un en büyük kozu haline gelir. Zeon’un Doğu Avrupa’daki taktik yığınak noktaları olan Odessa’nın ağır bedeller karşılığında da olsa Zeon’un elinden kurtarılmasıyla , Gundam’la gösterilen kahramanlıkların bir şans olmadığı kanıtlanır. Bunun üzerine Federasyon’daki üst birim komutanlar derhal Gundam’ın tüm sorunlu cephelere çeşitli yönlerden özelleştirilmiş varyasyonlarını gönderilmesini kararlaştırır. Fakat sınırlı sayıdaki bu Gundam’ların pilotlarının uzun süredir aktif savaşta olan ve çöl, orman ve şehir gibi farklı ortamlarda savaşma konusunda ustalaşmış usta Zeon pilotlarına karşı şansı çok fazla görünmemektedir.Hikayemiz Kidou Senshi Gundam’ın ilk bölümünden 1 ay sonra geçmekte... Ailesinin yaşadığı koloniye düzenlenen zehirli gaz saldırısı sonrası tüm ailesini ve yaşadığı koloniyi kaybeden genç Shiro Amada, Federasyon’un hızlandırılmış askere alma programına yedek subay adayı eğitimlerine katılarak dahil olur. 10 Ekim 0079’da eğitimini tamamlayan Shiro artık düşük rütbeli bir subaydır ve tayin edileceği cepheyi beklemektedir. Bulunduğu gemiye tam da atmosfere girişinde savunmasız olduğu sırada düşmanlara ait bir MS grubu saldırır. Silah arkadaşlarını kurtarmak için pek de etkili olmayan RG 79 Ball tipi silahlı bir pod’u kullanarak savaşa girer, biraz yeteneği biraz da şansının yardımıyla saldıran gruptaki yeni tip bir MS olan Zaku II Prototype’i etkisiz hale getirmeyi başarır, fakat düşman onun pod’unu da kullanılmaz hale getirmiştir.Shiro kaçan düşman pilotu ile birlikte yörüngede sürüklenen bir gemi enkazına sığınır ve hayatını kurtardığı bu düşman pilotunun resmi olarak bir Zeon askeri olmayan bir test pilotu olduğunu görür. Ne Shiro, ne de adının Aina olduğunu öğrendiği bu bayan pilot birbirlerini öldürmeyi pek de arzulamamaktadır. Aina, kendisini öldürmeyip hayatını kurtardığı için minnet belirtisi olarak ona saatini verir ama onun kendi gözünde bir düşman olduğunun farkındadır. İkili birbirlerine veda edip ayrıldığında daha sonra her ikisi de bunu yaşamamış gibi davranacaktır.Aina onu arayan arama ekibi tarafından bulunarak, Zeon lideri Degwin Sodo Zabi’nin kişisel emri üzerine atmosfer dışından giriş yapıp Jaburo’yu sığınaklarına dek yok edebilecek bir enerji dalgası yayabilecek bir enerji silahı taşıyan Apsalus kod adlı bir Mobile Armor geliştirilmesi projesi üzerinde çalışan, işine hastalıklı bir ihtirasla bağlı mühendis abisi Ginneas’ın yanına, Himalayalar’daki gizli Zeon üssü Lhassa’ya gelir. Shiro da Güney Asya’da General Kojima’nın “radikal” birliği Kojima Tugayı’na, 8. MS Takımı’na tayin edilmiştir.Her biri birbirinden farklı karakterlere sahip, uyumsuz askerlerle dolu Shiro bir “çaylak” olarak başlarda pek saygı görmez ama yetenekleri ve birkaç pusuda gösterdiği kahramanlıklar onu saygı duyulan bir asker konumuna getirir. Fakat Shiro, her savaşında savaşın her aşamasına biraz daha dahil olduğunda savaşın insan ruhuyla bağdaşabilecek son yer olduğunu anlayacak, sonrasında üsleri tarafından güveninin sınanacağı ciddi bir suçlama ile karşılaşacaktır.Ginneas’nın baskısı altındaki Aina ve her savaşta savaş ile gerçeğin acı yüzüne biraz daha yüzüne yaklaşan Shiro’nun kaderleri kesin olarak kesişmek üzeredir ve bu nokta, ikisinin de yok edilmesi gereken düşmanlar olduklarını anladıkları nokta olacaktır.
