Radyasyona maruz kalan dört küçük kaplumbağa insan boyutlarına gelir ve büyük bir şehrin kanalizasyonunda kendileri gibi değişime uğramış fare Splinter efendi tarafından dövüş sanatlarında eğitilir. Kaplumbağalara çok sevdiği rönesans ressamları Michelangelo, Raphael, Leonardo ve Donatello’nun isimlerini veren Splinter, onları suçla savaş konusunda yönlendirir.Güzel televizyoncu April ninja kaplumbağaların varlığını keşfedip güvenlerini kazandığında, birlikte kötü savaş beyi Shredder’ın planlarını engellemeye girişirler.Kevin Eastman’ın 80’lerde bir dönem dikkatleri üzerine toplamayı başarmış çizgi romanından uyarlanan Ninja Kaplumbağalar, sinema perdesiyle tanışmadan önce TV’lerde çizgi film kahramanları olarak uzun bir süre boy gösterdiler. Steven Barron’ın yönettiği bu eğlenceli uyarlamanın başarısında, kaplumbağa kostüm ve makyajlarına imza atan efsanevi Jimmy Henson Productions’ün rolü az değildir.