12 yaşındaki Misaki Suzuhara, teyzesi ile yaşamak üzere Tokyo'ya taşınır. Daha trenden adımını atar atmaz dev ekranda bir "Angelic Layer" karşılaşmasını izleme şansını bulur. Bu sırada ortaya çıkan Ic-chan adında biri, Misaki'yi "Angelic Layer" çılgınlığı ile tanıştırır. "Angelic Layer" küçük android tarzı bebeklerle oynanan bir oyundur. Bebeklere "Angel" adı verilmekte ve sahip isteğine göre "Angel"ına şekil verebilmektedir. "Angel"lar sadece "Layer" adı verilen bir alan içinde, sahibinin isteğine göre hareket edebilmektedir. Hangi "Angel" in daha iyi olduğuna yapılan müsabakalarla karar verilmektedir. Misaki daha ilk maçında üstün bir başarı gösterir ve en iyi "Angelic Layer" oyuncularından biri olmak için potansiyeli olduğunu gösterir.