FBI'da yüksek fizikten, şeytana tapanlara, gözü dönmüş şiddet tarikatlarından, uzaylıların istilasına dek karanlıkta kalmış ve 'açıklanamaz 'olarak nitelendirilen bütün dosyalara X-Files adı verilir. Olaylara yaklaşımları farklı olan iki FBI ajanı Fox Mulder ve Dana Scully, günümüz Amerika'sında çözülmemiş bu en gizemli dosyaları araştırmaktadırlar. Asi ve hayalci biri olan Mulder, yıllar süren araştırmaları sayesinde edindiği tecrübeler ve bilgiler neticesinde ele aldıkları davaların geneline tamamen alternatif ve genelde gerçeküstü bir bakış açısından yaklaşmayı tercih eder. Scully ise FBI ajanlığının yanında aynı zamanda doktordur, bilimkadınıdır ve gerçekçidir. Mulder'ın tersine davalara mantıksal düzeyde yaklaşır. Mulder'ın ortaya attığı alternatif teorileri, her zaman bilimin getirdiği kuşkuculukla değerlendirir.